Yang pertama dikenal hominid penghuni Indonesia adalah apa yang disebut "Manusia Jawa", atau Homo erectus, yang tinggal setengah juta tahun yang lalu. Sekitar 60.000 tahun yang lalu, nenek moyang dari masa kini Papua mencapai Nugini. Sekitar 4 SM, mereka diikuti oleh nenek moyang dari modern Melayu, Jawa dan kelompok Melayu-Polinesia lain yang kini mencapai sebagian besar penduduk Indonesia.
Kontrak perdagangan dengan India, Cina dan daratan Asia Tenggara dibawa luar pengaruh budaya dan agama di Indonesia. Salah satu kerajaan terindianisasi pertama, yang dikenal sebagai Sriwijaya, terletak di pantai Sumatera sekitar selat strategis Malaka, yang berfungsi sebagai pusat jaringan perdagangan yang mencapai ke berbagai belahan nusantara lebih dari seribu tahun yang lalu.
Di Jawa tetangga, kerajaan besar interior pulau didirikan sejumlah monumen keagamaan indah, seperti Borobudur, monumen Budha terbesar di dunia. Yang terakhir dan paling kuat dari awal kerajaan-kerajaan Hindu-Jawa, abad ke-14 Kerajaan Majapahit, setelah dikontrol dan dipengaruhi banyak dari apa yang sekarang dikenal sebagai Indonesia, menjaga kontak dengan pos-pos perdagangan sejauh pantai barat Papua Nugini.
Dimulai pada tahun 1602, Belanda perlahan menetapkan aturan di Indonesia, kecuali untuk Timor Timur, yang tetap berada di bawah kendali Portugal sampai tahun 1975. Selama 300 tahun pemerintahan, Belanda mengembangkan Hindia Belanda menjadi salah satu harta kolonial terkaya di dunia.
Gerakan kemerdekaan Indonesia dimulai pada awal abad ke-20. Partai Komunis Indonesia (PKI) didirikan pada tahun 1920, pada tahun 1927 partai Nasionalis Indonesia (PNI) muncul di bawah kepemimpinan Soekarno. Ia menerima dorongan selama Perang Dunia II, ketika Jepang mengusir Belanda dan menduduki pulau. Pada Agustus 1945, segera setelah Jepang menyerah, Sukarno dan Muhammad Hatta, pemimpin nasionalis lain, menyatakan Indonesia republik merdeka. Belanda menolak kaum nasionalis, dan empat tahun pertempuran diikuti. Di bawah tekanan PBB, kesepakatan akhirnya tercapai di November 1949 untuk menciptakan sebuah republik merdeka dari Indonesia. Sebuah konstitusi baru yang disediakan untuk bentuk pemerintahan parlementer. Sukarno terpilih sebagai presiden, dan Hatta menjadi perdana menteri.
Meskipun Sukarno telah mencapai prestasi besar dalam menyatukan begitu banyak orang dan daerah yang beragam di bawah satu pemerintahan dan satu bahasa, pemerintahannya ditandai oleh masalah. Perekonomian terhuyung-huyung karena naiknya inflasi, dan pada tahun 1958, pemberontakan populer dimulai di Sumatera dan menyebar ke pulau-pulau Sulawesi dan lainnya. Sukarno menanggapi dengan menerapkan langkah-langkah otoriter, termasuk membubarkan parlemen pada tahun 1960 dan mengembalikan konstitusi lama yang disediakan untuk kuat, eksekutif independen. Bergerak Sukarno mengakibatkan Hatta mengundurkan diri dari jabatannya.
Pengaruh militer Indonesia tumbuh selama ini sebagai hasil dari perannya dalam memadamkan pemberontakan-pemberontakan. Partai Komunis juga tumbuh, meninggalkan Sukarno mencoba untuk menyeimbangkan kedua blok kekuatan penting dalam politik Indonesia.
Pada awal tahun 1962, Soekarno mengirim pasukan terjun payung ke Belanda Nugini-wilayah yang masih dipegang oleh Belanda. Belanda setuju untuk mentransfer daerah untuk PBB sampai referendum diadakan pada bulan Agustus 1969. Pemerintah Indonesia kemudian dianeksasi Belanda New Guinea dan mengubah namanya menjadi Irian Barat (Irian Barat), kemudian Irian Jaya, dan kemudian Papua. Sebuah perang gerilya dimulai segera setelah oleh Organisasi Papua Merdeka (OPM, Organisasi Papua Merdeka), kelompok mencari kemerdekaan Papua.
Sementara itu, Sukarno berusaha mengklaim wilayah Malaysia di Kalimantan, mulai konflik tiga tahun. Dia juga mulai bersandar semakin ke kiri, secara terbuka memanggil pemimpin Komunis untuk nasihat, menunjukkan permusuhan terhadap Amerika Serikat, dan menumbuhkan persahabatan Komunis China. Pada tahun 1965 ia mengundurkan diri Indonesia dari PBB.
Pada tahun yang sama, kudeta diluncurkan oleh pasukan militer di bawah Jenderal Suharto yang akhirnya memaksa Soekarno dari kekuasaan. Ribuan diduga Komunis dieksekusi oleh tentara, dan pembantaian luas terjadi dari Oktober-Desember 1965. Sebanyak 750.000 orang mungkin telah tewas, termasuk banyak etnis Tionghoa. Seluruh desa di pulau Jawa dan Bali yang dimangsa, termasuk mereka yang tidak ada hubungannya dengan komunisme. Pada tanggal 12 Maret 1967, majelis nasional bernama Suharto bertindak presiden. Dia terpilih sebagai presiden pada tahun 1968, dan terpilih kembali pada 1973, 1978, 1983, 1988, 1993, dan 1998.
Perekonomian mulai tumbuh pesat pada 1970-an, terutama karena meningkatkan ekspor minyak, gas dan kayu. Pada 1975-1976, Indonesia menganeksasi Timor Timur, mengakibatkan ribuan kematian dan pelanggaran HAM. Pengambilalihan itu tidak diakui oleh PBB.
Selama rezim Soeharto, keluarganya memegang kekuasaan atas sebagian besar kehidupan ekonomi Indonesia, dan korupsi pemerintah meningkat. Sementara kondisi ekonomi banyak orang Indonesia membaik, oposisi terhadap kebijakan-kebijakannya terus ditekan. Pada bulan Oktober tahun 1997, negara itu terjun ke gejolak ekonomi saat mata uangnya anjlok. Pasar saham mengikuti setelahnya, dan Dana Moneter Internasional (IMF) setuju untuk memberikan negara dengan $ 40000000000 paket bantuan dalam pertukaran untuk reformasi ekonomi. Berjuang di bawah utang luar negeri yang besar dan keengganan Soeharto untuk melaksanakan reformasi IMF, perekonomian Indonesia terus memburuk pada tahun 1998.
Mahasiswa protes dan kerusuhan atas kenaikan harga pecah di seluruh negeri, dengan meningkatnya permintaan Soeharto untuk mengundurkan diri. Soeharto lengser pada Mei 1998, dan wakil presiden, BJ Habibie, diasumsikan presiden. Pada bulan Juni, pemerintah mencapai kesepakatan dengan para bankir asing pada penjadwalan ulang hampir $ 80 miliar utang.
Awal tahun 1999, Indonesia dan Portugal mencapai kesepakatan yang memungkinkan rakyat Timor Timur untuk memilih dalam referendum antara otonomi terbatas di Indonesia dan kemerdekaan. Pertempuran di Timor Timur antara pasukan keamanan pemerintah dan milisi anti-kemerdekaan di satu sisi dan gerilyawan separatis di sisi lain meningkat pada pertengahan 1999 sebagai suara mendekat. Pada bulan Agustus, pemilih memilih untuk merdeka, tetapi wilayah itu turun ke dalam kekacauan sebagai milisi pro-Indonesia dan tentara terlibat dalam kampanye teror dan kekejaman, membunuh Timor pro-kemerdekaan dan menyebabkan ribuan mengungsi. Pada bulan September 1999, setelah tekanan internasional, Presiden Habibie meminta PBB untuk mengirim pasukan penjaga perdamaian ke daerah, dan pada bulan Oktober PBB setuju untuk mengambil kontrol penuh dari Timor Timur sampai kemerdekaan, yang dicapai pada tahun 2002.
Selama tahun 1999 pemilihan parlemen, Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan, dipimpin oleh putri Soekarno, Megawati Soekarnoputri, datang pertama dengan 34% suara, Habibie Partai Golkar berada di posisi kedua dengan 22%. Pada tahun 1999 pemilihan presiden Oktober, Abdurrahman Wahid, dari pihak Kebangkitan Nasional, menjadi presiden terpilih secara demokratis pertama negara itu setelah Megawati gagal membangun koalisi dibutuhkan untuk menang. Dia dipilih oleh parlemen sebagai wakil presiden. Seorang teolog Muslim dan pemimpin agama, serta pembela hak asasi manusia dan toleransi beragama, Wahid pindah ke meningkatkan kontrol sipil atas militer, yang kehilangan pengaruh dan prestise setelah jatuhnya Suharto dan Timor Timur bencana.
Pada bulan Februari 2001, parlemen dikecam presiden, yang terlibat dalam dua skandal korupsi. Wahid, yang telah mengasingkan Megawati dan mengalami penurunan popularitas, dikecam lagi pada bulan April. Meskipun ia kemudian dibersihkan dari kesalahan dalam skandal, parlemen sebagai bulan Juli untuk memberhentikan dia dari jabatannya. Megawati berhasil Wahid sebagai presiden. Selanjutnya parlemen meloloskan undang-undang pemberian otonomi terbatas (termasuk kontrol yang besar atas sumber daya alam) untuk Aceh dan Papua, dengan harapan meremehkan gerakan separatis lokal, namun kekerasan di kedua provinsi terus. Sebuah perjanjian telah ditandatangani dengan para pemberontak Aceh pada bulan Desember 2002.
Hubungan yang tegang dengan Malaysia pada tahun 2002 ketika sebanyak 400.000 orang Indonesia dideportasi paksa di bawah hukum baru anti-ilegal-imigran sulit. Amandemen konstitusi disahkan pada tahun yang sama menyerukan pemilihan langsung presiden dan penghapusan kursi yang disediakan untuk militer di legislatif nasional.
Pada tanggal 12 Oktober 2002, bom teroris di sebuah klub malam di Bali yang sering dikunjungi oleh orang asing menewaskan 202 orang, 88 di antaranya adalah Australia. Akhirnya lebih dari 30 orang diadili untuk kejahatan dan tiga dieksekusi pada tanggal 9 November 2008.
Pemilu legislatif pada bulan April 2004 adalah kemunduran bagi partai Megawati, yang datang di kedua Golkar. Megawati kemudian kehilangan presiden pada September 2004 Susilo Bambang Yudhoyono, seorang mantan jenderal dan menteri keamanan dan calon Partai Demokrat.
Pada Desember 2004, tsunami besar disebabkan oleh gempa di lepas Sumatera menghancurkan Aceh, menewaskan sekitar 130.000 orang, dan gempa selanjutnya di bulan Maret menyebabkan kehancuran di pulau Simeulue dan Nias, Sumatera barat. Ada wabah polio di Jawa Mei 2005 yang akhirnya dikendalikan melalui kampanye imunisasi besar-besaran.
Pemberontak Aceh menandatangani perjanjian perdamaian dengan pemerintah pada bulan Agustus 2005 dan dilucuti dalam pertukaran untuk pembentukan lokal pemerintahan sendiri.
Pada bulan Mei 2006, gempa bumi di Jawa Tengah menewaskan sekitar 5.800 orang. Sebuah gempa Juli di Jawa menyebabkan tsunami yang menewaskan 400 orang. Hujan lebat menyebabkan banjir besar di wilayah Jakarta pada bulan Februari 2007, memaksa sebanyak 400.000 orang meninggalkan rumah mereka.
