Pada bulan Agustus 2008, bukti muncul menghubungkan militer Indonesia untuk tahun 2002 pembunuhan dua guru sekolah Amerika di provinsi Papua terpencil. "Kredibel sumber tautan agen intelijen Indonesia dengan perencanaan serangan ini," kata co-penulis Eben Kirksey, seorang antropolog Amerika. "Tapi Senior Bush pejabat-termasuk Administrasi Menteri Luar Negeri Condoleezza Rice, mantan Jaksa Agung John Ashcroft, dan Direktur FBI Robert Mueller-telah menutupi bukti keterlibatan militer Indonesia dalam pembunuhan warga sipil AS. FBI telah gagal untuk membawa kasus ini ke resolusi definitif. "
Agen FBI menangkap sekelompok penduduk desa Papua pada tahun 2006 dan menyerahkan mereka kepada pihak berwenang Indonesia. Pengadilan Indonesia menjatuhkan hukuman tujuh orang, termasuk tersangka pemimpin Antonius Wamang, seorang pejuang gerilya dalam gerakan kemerdekaan Papua, untuk waktu penjara untuk berpartisipasi dalam serangan itu. Namun, keterlibatan militer Indonesia tidak dianggap serius di persidangan. "Sidang Indonesia adalah palsu," kata rekan penulis Andreas Harsono, seorang wartawan investigasi Indonesia. "Mengapa Amerika percaya hal ini penting untuk sistem pengadilan yang dikenal untuk korupsi?"
Studi Baru Link Politikus Indonesia tahun 2002 Pembunuhan Guru sekolah AS (Timor Timur dan Indonesia Action Network)
Hubungan Militer AS-Indonesia Tumbuh Meskipun Kekhawatiran Hak Asasi Manusia
Amerika Serikat dan normalisasi hubungan militer Indonesia pada tahun 2005, mengakhiri periode 10-tahun dimana Jakarta dasarnya dilarang menerima kebanyakan bentuk penjualan senjata AS dan bantuan militer dan pelatihan karena pelanggaran hak asasi manusia militer dan korupsi. Tapi kekhawatiran atas pertumbuhan terorisme di Indonesia dan berkembang hubungan Indonesia dengan Rusia mendorong pemerintahan Bush untuk melanjutkan hubungan militer dengan negara muslim terbesar di dunia, meskipun masalah hak asasi manusia terus berlanjut.
Pada tahun 2003, Indonesia membeli pesawat tempur Rusia dan perangkat keras lainnya sebagai bagian dari paket $ 192.000.000 senjata. Pada September 2007, Presiden Rusia Vladimir Putin berkunjung ke Indonesia. Moskow telah diperpanjang $ 1 miliar dalam pinjaman untuk senjata, yang memungkinkan Indonesia untuk membeli menengah dan jarak pendek rudal, bom udara, dan sistem lainnya.
Pada bulan Februari 2008, pejabat Angkatan Udara Republik Indonesia bertemu dengan rekan-rekan mereka di AS untuk membahas "kerja sama pertahanan bilateral." Pada daftar keinginan mereka tempur F-16 Lockheed Martin dan C-130 Hercules transportasi taktis.
Senjata Appetite di Indonesia (oleh Frida Berrigan, Foreign Policy in Focus)
Militer AS Latih Special Ops Indonesia dengan Dark Past
Pada bulan Desember 2007, dilaporkan bahwa AS adalah anggota pelatihan Kopassus, unit Pasukan Khusus Indonesia dengan catatan panjang pelanggaran hak asasi manusia, dan Brimob, Brimob paramiliter. Timor Timur dan Indonesia Action Network (ETAN) dan Tim Advokasi Papua Barat (WPAT) pelatihan Amerika mengecam keras untuk dua unit. ETAN dan WPAT mendesak Kongres untuk campur tangan untuk mencegah pelatihan tersebut dan meminta pemerintahan Bush untuk berjanji publik untuk tidak lagi memberikan bantuan kepada dua unit.
Dr Damien Kingsbury, seorang ahli Australia terhadap militer Indonesia, menulis bahwa "Kopassus telah membunuh dan menyiksa para aktivis politik, serikat buruh dan pekerja hak asasi manusia. Ini juga telah melatih, melengkapi, memimpin milisi di Timor Timur, Papua Barat dan Aceh, dan anggota Kopassus dilatih terkenal milisi Islam Laskar Jihad, yang bertanggungjawab atas konflik di Ambon, yang hingga 10.000 tewas. Itu Kopassus membunuh pemimpin kemerdekaan Papua Theys Eluay pada tahun 2001. "Kopassus juga terlibat dalam pembunuhan 1998 mahasiswa dan penculikan aktivis pro-demokrasi di Jakarta.
Bush Administrasi Melatih Anggota Kelompok Teroris Indonesia (Timor Timur dan Indonesia Action Network)
US Taps Phones Penduduk Sipil Indonesia
Petugas intelijen AS di Jakarta diam-diam menyadap ponsel warga sipil Indonesia, terungkap pada bulan Desember 2007. Beberapa orang Amerika dilaporkan bekerja keluar dari markas Jakarta Densus 88, unit para-militer yang terlatih dan didanai yang misinya digambarkan sebagai antiterorisme, tapi itu baru-baru ini terlibat dalam penangkapan seorang pengacara hak asasi manusia Papua Barat. Pengacara, Iwangin Sabar Olif, ditangkap oleh polisi dan Densus 88 di jalan dan kemudian dituduh "menghasut dan menghina kepala negara" setelah ia diteruskan pesan teks yang mengkritik angkatan bersenjata Indonesia, serta Presiden Indonesia
Intelijen AS Personil Ketuk Telepon Indonesia. Inggris Juga Terlibat. Densus 88, Kopassus Dapatkan Terselubung Bantuan AS (oleh Allan Nairn, Timor Timur dan Indonesia Action Network)
Indonesia Hub Perdagangan Ilegal
Antara perdagangan miliar dolar antara AS dan Indonesia adalah gerakan terlarang sepatu, udang dan pakaian yang telah dikemas ulang, kembali label dan diekspor kembali setelah dikapalkan ke Indonesia, mendirikan negara sebagai pusat regional baru untuk kegiatan tersebut melibatkan Asia barang-khususnya dari China-ditakdirkan untuk pantai AS. Masalah transshipment melemparkan bayangan atas hubungan bilateral AS-Indonesia dan mengancam akan merusak kesempatan negara Asia Tenggara dari menengahi perjanjian perdagangan bebas dengan AS.
Bagaimana mengalahkan hambatan perdagangan AS (oleh Bill Guerin, Asia Times)
kurang
Hak Asasi Manusia
Laporan Departemen Luar Negeri untuk tahun 2007 disorot pembunuhan oleh pasukan keamanan Indonesia yang jatuh di luar norma-norma perilaku yang dapat diterima. Rusman Robert ditemukan meninggal di Kabupaten Solok, Sumatera Barat, dengan luka memar di wajah dan tubuhnya serta lengan yang patah. Saksi menerangkan bahwa sebelum ia menghilang, ia berdebat dengan komandan militer Solok, Letnan Kolonel Untung Sunanto. Polisi militer menyelidiki kasus ini dan menangkap tujuh anggota komando militer Solok, termasuk Untung. Sebuah pengadilan militer menjatuhkan hukuman enam pria antara 18 bulan dan lima tahun penjara dan pemecatan dari militer. Karena tingkat jabatannya, Letnan Kolonel Untung Sunanto akan diadili oleh pengadilan militer yang terpisah.
